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菌落计数是微生物实验中普遍的实验之一，是统计物品含菌数的有效方法，广泛用于食品、饮料、药品、生物制品、化妆品、卫生用品、饮用水、生活污水、工业废水、临床标本中细菌数的检验。
全自动菌落计数仪因其使用的自动化程度高、分析结果可核对、样品信息可留存等，已逐渐被越来越多的科研院所、卫生疾控部分所喜爱。全自动菌落计数仪采用成像分析法实现自动计数，即由【成像硬件+分析软件】所组成。
成像硬件用于获得清晰有效的菌落图像，以便分析计数。成像硬件有拍照成像、扫描成像。由CMOS加摄像头拍照成像的优点是：成像速度快，能展现培养基表层和深层的细微菌落。确保在0.5秒内获得菌落图像。由单反相机、卡片机拍照成像的优点是：能自动对焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3～4秒的时间。拍照成像的一个难题是光源产生的光斑干扰，对于这个问题国内一家公司，通过对仪器照明系统进行精密的设计，上下光源采用了宽光带的LED柔光系统，并结合悬浮式暗视野 成像系统，不仅能够消除玻璃培养皿的折射光斑，而且通过改变光比，使得菌落表面的皱折、凹陷、边缘的锯齿更富立体感。
扫描成像与在灯箱中营造均匀面光源不同，是将线光源通过移动变成面光源的，光线强度相对比较均匀，其均匀度通常比拍照灯箱的面光源要高一个数量级，从成像硬件的上解决了菌落目标的亮度不匀问题，但扫描只是平面的效果，不能展现培养基表层和深层的细微菌落，且不能展现菌落颜色等多方面的情况，对于观察分析而言构成了一定难度。
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