acRIP-seq ac4C乙酰化RNA免疫沉淀测序
- 公司名称 深圳市易基因科技有限公司
- 品牌 其他品牌
- 型号 acRIP-seq
- 产地
- 厂商性质 生产厂家
- 更新时间 2025/4/17 16:53:57
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ac4C RNA乙酰化（N4-acetyicytidine，ac4C），N4位乙酰胞嘧啶，是真核原核生物中保守的化学修饰，早期研究认为ac4C主要存在于tRNA和18S rRNA上。近期研究显示，mRNA上也存在大量的ac4C，该修饰在促进蛋白翻译、影响RNA稳定性和可变剪接、调控基因表达发挥重要作用，是继m6A修饰之后表观转录组学的新兴发展方向。
ac4C RNA修饰的检测，易基因采用基于抗体富集的ac4C RNA乙酰化免疫共沉淀 (acetylated RNA Immunoprecipitation，acRIP)技术：基于抗体特异性结合乙酰化修饰碱基原理，以RNA免疫共沉淀富集乙酰化修饰片段为基础，然后通过高通量测序（acRIP-seq），在转录组范围内研究发生乙酰化的RNA区域，高效获得结果。
易基因提供适用于不同科研需求的acRIP -seq技术：
? ac4C 乙酰化-常量mRNA acRIP -seq
? ac4C 乙酰化-常量mRNA +lncRNA acRIP -seq
? ac4C 乙酰化-微量mRNA +lncRNA acRIP -seq
实验原理：
首先通过poly(A)捕获RNA，将获得的RNA打成100nt左右的小片段；之后使用ac4C特异性抗体进行免疫共沉淀，含有ac4C修饰的RNA片段被富集并回收；进而对回收的RNA进行文库构建、高通量测序和生物信息学分析，通过peak分析鉴定出ac4C修饰的位点。
实验策略：
材料选取 → RNA提取→RNA片段化→抗体富集→反转录得cDNA文库→接头连接
→PCR扩增→文库制备→上机测序
分析内容：
acRIP-seq分析内容 | |
标准分析 | 质控及及评估： 1、 数据质控 2、 比对统计 3、 插入片段长度统计 4、 全基因组覆盖度统计 5、 样本饱和度曲线 |
ac4C 富集区域（peak）的鉴定及统计： 1、 ac4C富集区域（peak）的鉴定与注释 2、 ac4C富集区域的基本统计 3、 ac4C 富集区域在染色体上的分布 4、 ac4C 富集区域在基因元件上的分布 5、 ac4C 富集区域关联基因的功能富集分析 6、 ac4C 富集区域在基因元件上的分布密度 7、 ac4C 修饰区域的motif鉴定 8、 特定基因峰图展示 | |
差异ac4C 修饰的鉴定及统计： 1、 组内样本peak重叠情况分析 2、 组内样本peak关联基因的重叠情况分析 3、 差异ac4C 修饰的鉴定与注释 4、 差异ac4C 修饰的基本统计 5、 差异ac4C 修饰在染色体上的分布 6、 差异ac4C 修饰在基因元件上的分布 7、 差异ac4C 修饰关联基因的富集分析 8、 差异ac4C 修饰在基因元件上的分布密度 9、 差异ac4C 修饰区域的motif鉴定 | |
表达水平分析： 1、 lncRNA鉴定 2、 circRNA鉴定 3、 基因表达水平分析 4、 基因表达水平密度分析 5、 基于表达谱的聚类分析 6、 基于表达谱的主成分分析 7、 基于表达谱的相关性分析 | |
差异表达基因鉴定及富集分析： 1、 差异表达基因鉴定 2、 差异基因功能富集分析 | |
差异ac4C 修饰及差异基因关联分析 | |
注：个性化分析、多组学关联分析请联系对接销售或技术支持 | |
送样要求：
送样要求 | 项目周期 |
? 样本类型：去蛋白并进行DNase处理后的完整总RNA样本 ? 样本总量：≥10μg ? 样本浓度：建议≥250 ng/μL ? 样本完整度：RIN ≥ 7，Ratio 28S/18S ≥ 0.7；某些来源样本（如体液样本，昆虫样本，水生生物样本等）无RIN和Ratio28S/18S要求 | 20个样本以下标准流程的运转周期约为36个工作日。遇到样本数目较多时，项目周期需要与技术支持人员确定。 |
典型案例
mRNA中胞嘧啶核苷乙酰化可提高翻译效率
Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency
期刊：Cell IF：45.5
N4-乙酰胞嘧啶（ac4C）是一种由乙酰转移酶NAT10催化的mRNA修饰。本研究通过对WT和下调NAT10的Hela细胞进行acRIP-seq和mRNA-seq，揭示了ac4C在编码序列中的特异性乙酰化区域富集。NAT10敲除导致在比对mRNA位点的ac4C检测减少，并与靶向mRNA整体下调相关。对mRNA半衰期分析显示，乙酰化mRNA稳定性依赖于NAT10。进一步实验表明，mRNA乙酰化在体内外增强底物翻译。在ac4C peaks的密码子含量分析揭示了在动态位点中胞嘧啶的偏倚表达，从而影响mRNA解码效率。这些发现扩展了mRNA修饰范围（包括乙酰化残基），并阐明了ac4C在mRNA翻译调控中的作用。
acRIP-seq绘制mRNA ac4C图谱
参考文献：
①Arango D, et al. Immunoprecipitation and Sequencing of Acetylated RNA. Bio Protoc. 2019 Jun 20;9(12):e3278. pii: e3278. doi: 10.21769/BioProtoc.3278. PubMed PMID: 33654795.
② Arango D, et al. Acetylation of Cytidine in mRNA Promotes Translation Efficiency. Cell. 2018 Dec 13;175(7):1872-1886.e24. pii: S0092-8674(18)31383-7. doi: 10.1016/j.cell.2018.10.030. PubMed PMID: 30449621
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